Beranda

J-mol

Kalian mempunyai software J-Mol? Tutorial ini dirancang untuk mengajarkan cara untuk mengeksplorasi struktur molekul 3D menggunakan Jmol, yaitu program yang menampilkan struktur pada setiap Tutorial Struktur. Kami akan fokus pada bagaimana memanipulasi molekul di ruang 3D, dan bagaimana Anda dapat mengubah tampilan.

Ada tiga cara untuk berinteraksi dengan struktur Jmol: menggunakan mouse, mengakses menu, atau menggunakan Console.

Mouse: Rotasi, Menggeser, dan Zooming

Ini adalah keterampilan dasar yang penting untuk mendapatkan hasil maksimal dari Jmol. Link pada bagian ini memungkinkan Anda untuk melihat setiap tindakan sebelum mencoba dengan mouse.

Rotasi molekul

Untuk memutar molekul sendiri, kiri-klik dan seret di atasnya. Tarik kursor ke atas dan ke bawah untuk rotasi x-axis, kiri-kanan untuk rotasi y-sumbu.

Mengeser molekul

Untuk menggeser molekul sendiri, shift-double-klik dan tarik pada struktur – molekul akan mengikuti mouse.

Zooming

Untuk memperbesar molekul sendiri, shift-klik dan seret. Tarik kursor ke bawah untuk memperbesar, sampai dengan zoom out.

Menu Jmol Dasar

Untuk memulai, biarkan posisi struktur dengan animasi berikut, dan pikirkan bagaimana mengubah tampilan.

Struktur di sebelah kiri adalah klorofil bakteri protein A. Dari tampilan ini, Anda dapat melihat bahwa ini terdiri dari beberapa bagian. Ada dua rantai polipeptida, ditampilkan sebagai pita datar, masing-masing dengan warna yang berbeda. Setiap rantai (atau subunit) juga memiliki komponen non-protein, ditampilkan dalam model tongkat. Ini adalah pigmen yang memungkinkan klorofil A untuk memanen energi cahaya.

tampilan sebagaimana diberikan di sini jelas menunjukkan pola lipat dari rantai polipeptida, serta ikatan pigmen. Namun, dengan presentasi ini, Anda tidak mendapatkan gambaran yang akurat tentang bentuk molekul, atau ruang yang diduduki oleh struktur secara keseluruhan. Mari kita lihat bagaimana kita dapat mengubah tampilan untuk menekankan aspek-aspek yang berbeda.

[Sepanjang bagian ini, teks dalam gaya ini menunjukkan pilihan untuk membuat menggunakan menu Jmol. ]

Pertama, akses menu Jmol …
Mengakses menu Jmol dengan mengklik pada kata “Jmol” di sudut kanan bawah area tampilan struktur. Panel utama dari menu Jmol akan muncul. (Untuk menutup menu tanpa menggunakannya, klik di tempat lain di jendela struktur).

… Kemudian Pilih …
Setelah mengakses panel utama dari menu Jmol, gerakkan kursor ke kata Pilih. Pada submenu Pilih yang muncul, klik All. Seluruh menu akan hilang, dan Jmol akan melakukan tugas memilih semua atom dalam struktur – tetapi layar tidak akan berubah (belum).

… Kemudian Render.

Mengakses menu utama lagi. Kali ini, tempatkan kursor di atas Render untuk melihat sub-menu. Pada submenu Render, pindahkan kursor ke Atom dan kemudian klik pada 100 vanderWaals%. Menu menghilang, dan Jmol perubahan tampilan sehingga masing-masing dalam struktur atom adalah bola solid. rendering Hal ini biasa disebut “spacefill”. (“VanderWaals” menggambarkan jenis tertentu spacefill.)

Periksa hasil Anda
Dalam tutorial ini, Anda dapat memeriksa bahwa pilihan menu Anda bekerja seperti yang diharapkan dengan mengklik “Lihat Animasi” link, yang akan memicu tampilan untuk menunjukkan apa pilihan menu yang harus dicapai. Bandingkan hasil Anda saat ini dengan tampilan ini:

Berikut adalah petunjuk yang sama ditulis dengan cara singkat:
Pilih | Semua
Render | Atom | 100% vanderWaals
Dari sini, kita akan menulis semua perintah menu dalam gaya steno. Untuk kembali ke tampilan asli, di sini adalah perintah:
Pilih | Semua
Render | Atom | Off

Menu Jmol

Menghapus hal-hal dari pandangan

Bagaimana jika Anda hanya ingin melihat protein, tanpa pigmen?

Pilih | Hetero | Ligan
Render | Obligasi | Off

Pigmen (yang ligand protein ini) yang ditampilkan sebagai obligasi saja, sehingga mematikan obligasi mematikan tampilan pigmen sama sekali.

Sekarang mari kita tampilkan kembali pigmen, kali ini sebagai “bola dan tongkat” model, dan juga dengan atom berwarna oleh elemen.

Pilih | Hetero | Ligan
Render | Skema | Ball dan Stick
Warna | Atom | Skema | Elemen (CPK)

Zoom dalam menggunakan mouse untuk mendapatkan lebih baik melihat atom-atom dari pigmen.

Menampilkan asam amino spesifik:

Kadang-kadang, Anda mungkin ingin melihat sebuah asam amino tertentu atau jenis asam amino dalam molekul. Sebagai contoh, beberapa protein yang distabilkan oleh ikatan disulfida, yang merupakan ikatan kovalen terbentuk antara dua rantai samping sistein. Tiga briges disulfida yang hadir dalam protein insulin. Pertama, kita akan melihat keseluruhan struktur insulin.

Seperti yang Anda lihat, insulin cukup protein kecil. Untuk melihat ikatan disulfida, gunakan menu Jmol dalam urutan di bawah ini:

Pilih | Protein | Semua
Render | Atom | Off
(Jangan khawatir, itu seharusnya menghilang!)
Render | Struktur | Cartoon
Pilih | Protein | Oleh Nama Residu | CYS
Render | Obligasi | 0.3 Å
Warna | Disulfide Obligasi | Kuning

Perhatikan bahwa bahwa rendering kartun dan tongkat akan disembunyikan oleh atom spacefilled jika Anda telah lupa mematikannya. Hal ini karena pilihan rendering saat ini tidak secara otomatis dimatikan ketika pilihan lain dipilih; setiap gaya rendering dikendalikan secara individual, menampilkan gaya yang beragam, sehingga atom-atom yang sama yang mungkin.

Anda juga dapat mengubah tampilan ikatan disulfida bawah Render | Disulfide Obligasi, tapi dengan catatan bahwa mereka harus menjadi bagian dari yang dipilih saat ini set atom akan terpengaruh oleh perubahan itu.

Pembalik seleksi

Bagaimana jika Anda ingin mengubah tampilan dari segala sesuatu kecuali cystines?

Pilih | Protein | Oleh Nama Residu | CYS
Pilih | Seleksi Balikkan
Warna | Kartun | Orange

 

The Jmol Konsol

Jmol juga dapat dikendalikan menggunakan bahasa perintah. Mengetahui bahkan perintah sederhana bisa berguna. Untuk mengakses Console, gunakan menu Jmol:

Konsol … | Buka

Sebuah jendela kecil, Konsol Jmol, akan muncul di sudut kiri atas layar Anda. Sebuah kursor akan berkedip di bagian bawah jendela. Ini adalah di mana Anda dapat memasukkan perintah.

Ketik perintah berikut:
pilih semua
dan klik tombol “Jalankan” tombol pada Console. Jmol menulis beberapa hal ke dalam bagian atas jendela Console setelah menjalankan perintah tersebut, termasuk jumlah atom yang dipilih.

Sekarang ketik:
warna ungu
dan klik tombol “Jalankan” tombol lagi.

Dan akhirnya, ketik:
spacefill 100%
dan klik “Jalankan”.

Console memungkinkan kontrol yang sangat kuat Jmol dengan bahasa perintah. Anda dapat melihat daftar perintah Jmol di dokumentasi interaktif scripting Jmol halaman (membuka jendela baru).

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s

PCMI Jawa Tengah

Asosiasi Alumni Pertukaran Pemuda Antar Negara wilayah Jawa Tengah

Yudha Qirana

Sebuah Catatan Seputar Dunia IT dan Info-Info Menarik

Innocent World

Even if you know how to read other people's heart, you don't have any clue how to read your own

Akhsanun ICT

Hidup Itu Penuh Perjuangan

CatyCats***Chemist

Be Your Self n Make Your Dream Come True...!!

wibi TL

this blog for ur "purple lovers"

eny4ict

Untuk Tugas Mata Kuliah ICT

Blog Kimia ICT hanifati4ict

untuk tugas mata kuliah kimia ict

any4ict

Baru belajar...^^

Mari belajar ICT bersama Nestri

Belajar ICT itu asik loh

BELAJAR CHEMISTRY

NEVER GIVE UP,JUST BE YOU

Fitria 4 ICT

untuk tugas mata kuliah kimia ICT

amalia4ict

This site is only for Information Communication and Tenchnology's Lesson

widiyanti4ict

Keberhasilan Membutuhkan Kerja Keras dan Kekuatan Doa

ayu4ict

Merdeka,, merdeka !! Hiduplah Indonesia Raya...

yulia4ict

Semoga Bermanfaat

%d blogger menyukai ini: